refactor(src): 重构项目目录结构实现模块化管理
- 新建 app、modules、shared、presentation、infrastructure 五个顶级目录
- 将配置、核心引导和日志迁移至 app 目录
- 按业务领域划分模块，controllers、services、models 同步重组到 modules 内
- 共享工具、常量和基础类统一放入 shared 目录
- 中间件、路由和视图迁移至 presentation 目录下
- 数据库和定时任务迁移至 infrastructure 目录管理
- 新增数据库服务提供者封装连接和缓存逻辑
- 更新所有相关导入路径适配新目录结构
- 删除废弃的老目录和控制器代码
- 重构 main.js 异步启动服务器逻辑，完成插件注册和日志打印
- 保持原有 MVC 分层与路由自动发现机制，提升代码组织和维护性
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